微孢菌门纲

微孢子虫感染造成的症状则因物种而异，感染昆虫可能造成寄生去势、体型巨化、性别改变等多种症状，少数物种可几乎完全控制宿主细胞的生理代谢，形成异种共生的现象，部分物种因感染可致死而被用于生物防治。此类生物的基因组大小介于230万至5130万碱基对之间，其中内头菌科的物种（多感染人类）基因组多小于300万碱基对，为真核生物中基因组最小者。

基因组

微孢子虫的基因组是真核生物中最小的，其中最小者肠脑炎微孢子虫的基因组仅长约230万bp，已于2010年被完整定序，仅为大肠杆菌基因组的一半。微孢子虫失去了编码许多蛋白质的能力，部分物种仅有约1800种蛋白质，大部分物种已不能合成ATP，缺少两种核糖体蛋白与大量核糖体RNA的延伸片段（expansion segment），剪接体也缩小许多（部分物种完全失去剪切体，基因中也不含有内含子）。

感染

微孢子虫以极管（polar tube）感染动物细胞，极管缠绕于微孢子虫的孢子中，受环境因子（酸碱值、温度、盐分等）刺激后会快速充水，在数毫秒内由孢子中射出，将孢子的细胞质注入宿主细胞中以造成感染。

分类

微孢子虫因结构简单、缺乏线粒体，且基因序列演化较快造成长枝吸引，过去一度被认为是真核生物演化树的基群，后来基于数个不同基因绘制的演化树则清楚显示此类生物属于真菌。微孢子虫中较早分支的类群（噬核菌属、Mitosporidium与Paramicrosporidium等）留有较多其他真核生物的特征，如部分物种保有了线粒体DNA。

物种

首个被发表描述的微孢子虫为家蚕微孢子虫（Nosema bombycis），可感染家蚕，在19世纪末的法国养蚕业造成重大损失。目前已有约2000种微孢子虫被发表，感染至少16个门的动物与4个门的其他真核生物。其中感染蜜蜂、虾与鲑鱼的物种造成相当经济损失。有些微孢子虫也会对免疫缺乏的人造成机会性感染，导致微孢子虫病。